En meses pasados estuve desarrollando aplicaciones para escritorio en GNU/Linux, son varias herramientas  y me llevaría un poco de tiempo describirlas así que mejor solo muestro algunas imágenes.

Básicamente estos programas permiten hacer busquedas en los reportes generados por BLAST con formato XML, hacer comparaciones, encontrar información repetida, calcular porcentajes..etc. esta interfaz para el escritorio esta desarrollada con CSharp y System.Windows.Forms(winforms) y corre en GNU/Linux y Mac OS X, para Windows necesito hacer algunos ajustes y listo.

Las utilidades se pueden usar desde la linea de comandos o través de la interfaz grafica, por lo que ya tienen de donde escoger cual opción es la mejor.