Bioscope goes to Ubuntu Linux Desktop and Server

Es bien sabido que la herramienta No. #1 de Applied Biosystems – Life Technologies , el BioScope, corre solo en un cluster de computo ,usando Torque-PBS o SGE, basado en CentOS, una distribución basada en Red Hat Linux.

En resumen BioScope te permite hacer análisis de los datos del instrumento SOLiD a través de tu navegador web y linea de comandos en Linux.

No hace mas de 2 años que encontré la manera de añadir contenido dentro de la aplicación como tal, a lo cual le llamaría crackear la aplicación pero evitare usar ese termino porque las aguas se levantan y ya chole…ayy el mexicano.

Pensé que quizá y observando que oficialmente no añaden el soporte para ensamblar genomas, dije seria bueno añadirle esas opciones al BioScope para lo cual ya tenia un esquema, diseño y el flujo de como hacerlo, pero después pensé que mejor no, puesto que no es mi aplicación , no es software libre y tendría que estar haciendo constantemente ingeniera inversa para lograr el objetivo y quizá después tendría problemas legales ya que quizá los usuarios del BioScope querrían tener estos nuevas actualizaciones,lo cual traería una seria de cuestiones legales.

Después me fastidio que BioScope solo pudiera correr en CentOS y empece analizar scripts y mas scripts con toda calma y dije !! solución !! al menos voy a hacer que BioScope puede ejecutarse en otra distro diferente a la basada en Red Hat, y dicho y hecho El servidor de BioScope ahora puede instalarse y correr en Ubuntu Linux Desktop y Server ;) , mapreads puede correr bien sin mucho problema , ahora ya podrías analizar tus datos de SOLiD en tu propia computadora con Ubuntu Linux sin necesidad de tener que instalarte CentOS Linux.

No solo eso también puedo soportar que se ejecute en Mandriva Desktop, Gentoo, claro necesitas al menos de 16G – 24 G en memoria ram si quieres que trabaje mas o menos decentemente.

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2 thoughts on “Bioscope goes to Ubuntu Linux Desktop and Server

  1. Te diré que por acá de plano no usamos los softwares de analisis de los secuenciadores por esas razones. Montamos “pipelines” a la medida que toman los datos crudos después del llamado de bases.

    Buen desarrollo mi estimado Jacou, solo cuídate que si distribuyes no te vayas a echar encima a ABI.

    Saludos

  2. Hola

    Gracias jeje., Eso está padre lo de montar los pipelines a la medida. no y no creo distribuir algo de eso, puesto que como bien dices me metería en problemas con los de ABI.

    y que aplicaciones usan por allá para los análisis ? todo esto es muy padre..

    Saludos por allá que estén bien.

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