Workshop “Sequencing Data Visualization for SOLiD Users” México 2011

Muy rápido pasa el tiempo y bien dice la gente que recordar es vivir.

El pasado 4 de Julio asistí junto con el personal del área de genomica y estudiantes de doctorado al Workshop “Sequencing Data Visualization for SOLiD Users” el cual se llevo a cabo en las oficinas de Life Technologies de México.

 

Apenas llegue a mi habitación cuando ya estaba instalando algunos de los programas en mi computadora portátil y la mac.

llegamos algo cansados y teníamos hambre por lo que decidimos cenar y disfrutar de una muy buena platica con todos , después ya bien comiditos nos fuimos a instalar las computadoras con los programas necesarios para el Workshop, yo me desvele un poco más tiempo ya que una computadora estaba dando mucha guerra pero como dicen que no hay peor lucha que la que no se hace finalmente quedo lista.

Leonardo inicio con el Workshop hablando sobre los análisis de los datos de Bioinformática en general, muy buena platica.

El workshop estuvo bien , estuvimos usando varias herramientas para visualización de secuencias como Magic Viewer, ChipViewer , Tablet y BamViewer , está platica fue impartida por la gente de Winter Genomics, también ellos hablaron sobre Galaxy solo que por alguna extraña razón el sitio web oficial de Galaxy se bloqueo, lo bueno es que tenia configurado Galaxy en mi propia computadora portátil por lo que les pasamos la dirección de mi computadora para que todos pudieran entrar a Galaxy y seguir trabajando con el WorkShop.

Alrededor de las 2:15 salimos a comer , todos estuvimos invitados a comer por parte de  Life Technologies México , gracias.

Al termino de la comida regresamos a la siguiente parte del workshop, Leonardo realizo una demostración del nuevo software de análisis de datos de SOLiD “LifeScope”.

De imprevisto me anime a participar complementando un poco sobre Galaxy y BioScope, pero mi computadora portátil no pudo reconocer el proyector por lo que solo use la computadora de Leonardo para presentar algo rápido.

Comente brevemente 3 puntos:

    1. BioScope ahora puede ser capaz de correr en Ubuntu Linux Desktop y Servidor para ello hice algunos cambios en los scripts de instalación de BioScope.
    2. Es posible usar TMAP , la herramienta para mapear secuencias de Ion Torrent dentro Galaxy así como Velvet , Mira ..etc , para ello visita el siguiente enlace.
    3. Desarrolle un pequeño pipeline que permite generar las secuencias de referencia en el formato que Galaxy necesita para ser usadas dentro de Galaxy con Blast-MegaBlast , para descargar o verificar el software haz clic aquí.

Al termino hicieron la entrega de constancias de participación y nos despedimos , no sin antes tomar un par de fotos para el recuerdo.

Gracias todos por el Workshop , la asistencia y la convivencia muy agradable , espero que se vuelva a promover y organizar este tipo de eventos que nos permiten conocer y compartir la información que es provechosa para todos, desde luego cuenten con mi participación

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