Developing Corona Matching Pipeline Sim

En mis tiempos de ocio he estado desarrollando un poco una versión lejana aún, pero parecida a Corona ya que lo necesito para probar otro proyecto, por el momento estoy trabajando en el Pipeline de “matching” que permite alinear lecturas de SOLiD(fragmentos o por pares) hacia un genoma de referencia, por lo que el parser del mapa de cromosomas esta terminado y efectivamente cumple su objetivo, básicamente en el primer Pipeline esta completo los siguientes puntos:

  • parámetros requeridos completos y por el momento  solo -z(hits) , –tempdir (scratch) son viables.
  • parser para el mapa de cromosomas esta completo, identifica los cromosomas y genera los directorios correctos.
  • genera los scripts necesarios para proceso en cluster al igual que Corona(torque pbs)

La forma de llamar el primer Pipeline es:

jacob@jacob-mobile:~/Projects/ABCoronaLiteEmu/build$ mono matching_large_genomes_cmap_save_script.exe -csfasta /home/jacob/tmp/SOLiD/results/lpi/R3/file.csfasta -dir /home/jacob/tmp/SOLiD/results/lpi/matchingR3 -cmap /home/jacob/tmp/SOLiD/ref/human_validated.cmap -t 25 -e 4 -z 10 -tempdir /home/jacob/tmp

más delante comentare sobre los avances de cada Pipeline y las herramientas independientes.