En mi tiempo libre desarrolle una aplicación, myXSQ , que básicamente permite convertir fácilmente el nuevo formato XSQ a CSFASTA+QUAL que genera como resultado del proceso de secuenciación el instrumento SOLiD 5500xl.
Archive for the ‘AppliedBiosystems’ Category
Bioscope goes to Ubuntu Linux Desktop and Server
Posted: July 10, 2011 by jacobnix in AppliedBiosystems, Bioscope, Gentoo, Iniciativas, Life, LifteTech, Linux, Mageia, México, non free software, Secuenciación, SOLiD, ubuntu linuxEs bien sabido que la herramienta No. #1 de Applied Biosystems – Life Technologies , el BioScope, corre solo en un cluster de computo ,usando Torque-PBS o SGE, basado en CentOS, una distribución basada en Red Hat Linux. En resumen BioScope te permite hacer análisis de los datos del instrumento SOLiD a través de tu [...]
Workshop “Sequencing Data Visualization for SOLiD Users” México 2011
Posted: July 10, 2011 by jacobnix in AppliedBiosystems, bioinformatics, Bioscope, Iniciativas, Ion Torrent, LifteTech, SOLiDMuy rápido pasa el tiempo y bien dice la gente que recordar es vivir. El pasado 4 de Julio asistí junto con el personal del área de genomica y estudiantes de doctorado al Workshop “Sequencing Data Visualization for SOLiD Users” el cual se llevo a cabo en las oficinas de Life Technologies de México. [...]
developing on Bioscope 1.2
Posted: May 31, 2010 by jacobnix in AppliedBiosystems, bioinformatics, Bioscope, LifteTech, SOLiDIn past days I was developing some extra features for Applied Biosystems Bioscope 1.2 software tool. I think that bioscope is good tool but finally users needs to get access to more documentation like tutorials and books, so I added a menu and documentation dialog box(java rich faces) under bioscope’s help menu first. I am [...]
Developing Corona Matching Pipeline Sim
Posted: January 12, 2010 by jacobnix in AB Corona, AppliedBiosystems, bioinformatics, Cluster, Linux, mono, mono-csharp, Rocks Cluster, SOLiDEn mis tiempos de ocio he estado desarrollando un poco una versión lejana aún, pero parecida a Corona ya que lo necesito para probar otro proyecto, por el momento estoy trabajando en el Pipeline de “matching” que permite alinear lecturas de SOLiD(fragmentos o por pares) hacia un genoma de referencia, por lo que el parser [...]
Imágenes de México
Posted: December 23, 2009 by jacobnix in AppliedBiosystems, Inmegen, living, MéxicoEn la primera foto inferior se observa una Lasagna colombiana preparada por la esposa de un amigo, en Colombia no se acostumbra comer tortilla para acompañar los platillos como en México, para ello se acompaña casi siempre con sopa de arroz. Algunas imágenes las tome desde la 2da. Torre Zafiro y Torre Mayor. fueron días [...]
SOLiD: Platica análisis de datos en Inmegen
Posted: December 21, 2009 by jacobnix in AppliedBiosystems, bioinformatics, Secuenciación, talksLa semana pasada asistí al curso del instrumento de secuenciación por ligación “SOLiD 3 Plus” impartido por Applied Biosystems, el curso se llevo a cabo en el Instituto Nacional de Medicina Genomica. El viernes colabore un poco impartiendo una platica introductoria sobre el análisis de los datos via offline y los formatos de las lecturas [...]
Ola como esta voce Varuzza !!! La semana pasada nos visitaron algunas personas de Applied Biosystems donde finalmente conocí a varuzza, el llego de Brasil , impartió una conferencia sobre el instrumento SOLiD y posteriormente platicamos bastante sobre los datos y herramientas de software para el análisis de los datos en el cluster. Fuimos a [...]
