myXSQ

En mi tiempo libre desarrolle una aplicación, myXSQ , que básicamente permite convertir fácilmente el nuevo formato XSQ a CSFASTA+QUAL que genera como resultado del proceso de secuenciación el instrumento SOLiD 5500xl.

Workshop “Sequencing Data Visualization for SOLiD Users” México 2011

Muy rápido pasa el tiempo y bien dice la gente que recordar es vivir. El pasado 4 de Julio asistí junto con el personal del área de genomica y estudiantes de doctorado al Workshop “Sequencing Data Visualization for SOLiD Users” el cual se llevo a cabo en las oficinas de Life Technologies de México.   [...]

Augustus Trainer

En meses pasados, al intentar usar el script “augustus-x.y.z/scripts/autoAugTrain.pl” para entrenar Augustus, y después de instalar correctamente las dependencias (yaml, blat,scipio..etc)  y ejecutar el script, solo resultaba en el mensaje: Program aborted. Possibly “scipio” is not installed or not in your PATH at ./autoAugTrain.pl line 771 Después de hacer varias pruebas, mi teoría fue que [...]

Fixing Haskell Bioinformatic Library

Thanks Ketil En días pasados arregle un problema con una librería escrita en Haskell para análisis bioinformatico y le sugerí al desarrollador ( Ketil ) sobre la solución y bueno..la tomo en cuenta y yo aprendí Haskell Blog original: http://blog.malde.org/index.php/the-haskell-bioinformatics-library/ Solución: you will need to download and to install tagsoup 0.4 download from here: http://hackage.haskell.org/package/tagsoup-0.4 [...]

developing on Bioscope 1.2

In past days I was developing some extra features for Applied Biosystems Bioscope 1.2 software tool. I think that bioscope is good tool but finally users needs to get access to more documentation like tutorials and books, so I added a menu and documentation dialog box(java rich faces) under bioscope’s help menu first. I am [...]

BioHackaton 3

The 3rd DBCLS BioHackathon for interpreting biological knowledge with Semantic Web technologies will be held during 2010/2/ 8-12 in Japan. Objectives DBCLS is working on the integration of biological resources. To achieve this goal, we have been organizing BioHackathons since 2008 to survey existing efforts and develop integrated environments with open source software and public [...]

Developing Corona Matching Pipeline Sim

En mis tiempos de ocio he estado desarrollando un poco una versión lejana aún, pero parecida a Corona ya que lo necesito para probar otro proyecto, por el momento estoy trabajando en el Pipeline de “matching” que permite alinear lecturas de SOLiD(fragmentos o por pares) hacia un genoma de referencia, por lo que el parser [...]

Uso de memória pelo Velvet

En días pasados dejamos disponible Leonardo y un servidor una aplicación web sencilla para calcular la memoria necesaria de la computadora en el momento que vayamos a ejecutar Velvet para ensamblar un genoma a partir de lecturas pequeñas.es un factor  muy importante que hay que tomar en cuenta antes de trabajar. Liga: http://denovoutils.appspot.com/velvetmem copy-paste: O [...]

México aporta el Genoma del Maíz al conocimiento científico mundial

“México aporta el Genoma del Maíz al conocimiento científico mundial” Con la reciente publicación del articulo http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/sci;326/5956/1078 en la revista Science, hace un par de semanas recibí un reconocimiento por mi participación en el proyecto, mi participación fue muy muy pequeña ya que solo desarrolle un pequeño browser web que permite visualizar los datos, a [...]

SOLiD: Platica análisis de datos en Inmegen

La semana pasada asistí al curso del instrumento de secuenciación por ligación “SOLiD 3 Plus” impartido por Applied Biosystems, el curso se llevo a cabo en el Instituto Nacional de Medicina Genomica. El viernes colabore un poco impartiendo una platica introductoria sobre el análisis de los datos via offline y los formatos de las lecturas [...]