Bioscope goes to Ubuntu Linux Desktop and Server

Es bien sabido que la herramienta No. #1 de Applied Biosystems – Life Technologies , el BioScope, corre solo en un cluster de computo ,usando Torque-PBS o SGE, basado en CentOS, una distribución basada en Red Hat Linux.

En resumen BioScope te permite hacer análisis de los datos del instrumento SOLiD a través de tu navegador web y linea de comandos en Linux.

No hace mas de 2 años que encontré la manera de añadir contenido dentro de la aplicación como tal, a lo cual le llamaría crackear la aplicación pero evitare usar ese termino porque las aguas se levantan y ya chole…ayy el mexicano.

Pensé que quizá y observando que oficialmente no añaden el soporte para ensamblar genomas, dije seria bueno añadirle esas opciones al BioScope para lo cual ya tenia un esquema, diseño y el flujo de como hacerlo, pero después pensé que mejor no, puesto que no es mi aplicación , no es software libre y tendría que estar haciendo constantemente ingeniera inversa para lograr el objetivo y quizá después tendría problemas legales ya que quizá los usuarios del BioScope querrían tener estos nuevas actualizaciones,lo cual traería una seria de cuestiones legales.

Después me fastidio que BioScope solo pudiera correr en CentOS y empece analizar scripts y mas scripts con toda calma y dije !! solución !! al menos voy a hacer que BioScope puede ejecutarse en otra distro diferente a la basada en Red Hat, y dicho y hecho El servidor de BioScope ahora puede instalarse y correr en Ubuntu Linux Desktop y Server ;) , mapreads puede correr bien sin mucho problema , ahora ya podrías analizar tus datos de SOLiD en tu propia computadora con Ubuntu Linux sin necesidad de tener que instalarte CentOS Linux.

No solo eso también puedo soportar que se ejecute en Mandriva Desktop, Gentoo, claro necesitas al menos de 16G – 24 G en memoria ram si quieres que trabaje mas o menos decentemente.

easyRAE update (0.3)

Solo hice 2 pequeñas actualizaciones a easyRAE.

Añadí que easyRAE pudiese visualizar la cabecera de la respuesta de la RAE, aunque tiene algunos detalles que necesito resolver así como el encoding.

Cuando se ejecuta easyRAE por primera vez crea su directorio de trabajo en el directorio HOME del usuario.

easyRAE update (0.3)

Ahora es posible cargar la pagina de inicio “Acerca de” – “about” , la cual se genera dinamicamente la primera vez que se ejecuta easyRAE, desde un comando al estilo Mozilla Firefox.

easyRAE update (0.3)

Cabe señalar que el código de easyRAE es “100% pure code”, ya mero libero easyRAE falta poco ;)

Por otro lado ya actualice a la nueva versión beta de Monodevelop en Gentoo y Ubuntu, ni modo compilando los fuentes de Monodevelop.

easyRAE update (0.3)

Monodevelop 2.0

Monodevelop 2.0

Para la gente que aún no conozca este magnifico IDE, Monodevelop es un entorno de desarrollo principalmente diseñado para desarrollar aplicaciones con C# y algunos lenguajes como Visual Basic .NET, C/C++, Java, Vala y Boo. También permite desarrollar rápidamente aplicaciones ASP.NET sobre Linux , de esta manera es sencillo portar aplicaciones .NET creadas con Visual Studio a Linux y mantener el mismo código base entra ambas plataformas.

Características en esta nueva versión 2.0

  • Edición de texto avanzado. soporta autocompletado de sintaxis para C# 3 , plantillas de código..etc.
  • Entorno configurable. puedes cambiar a tu gusto: posicionamiento de ventanas, mapeo de teclas definidas por usuario, herramientas externas.
  • Soporte de Múltiples Lenguajes. C#, Visual Basic.NET, C/C++, Vala..etc
  • Depurador Integrado. para depurar aplicaciones .NET y aplicaciones nativas.
  • Diseñador Visual para GTK# ( algo parecido a los formularios Windows Forms)
  • ASP.NET. Puedes crear proyectos web y probarlos con XSP, el web server de Mono.
  • Más Herramientas. control de código fuente, integración de Makefiles, pruebas unitarias, deployment y empaquetado de aplicaciones.

Puedes leer todas las nuevas funciones que Monodevelop 2.0 tiene para que desarrolles aplicaciones en .NET desde Linux. haz clic en la siguiente liga: http://monodevelop.com/Download/MonoDevelop_2.0_Released

Descarga de Monodevelop visita la siguiente pagina: http://monodevelop.com/Download

Existen paquetes para OpenSuse, Ubuntu, Debian y Mac OS X 10.4, de igual manera puedes entrar al svn del proyecto y descargar el código fuente  de la versión al día de hoy , para Windows aún no hay versión disponible por el momento.

Algunas imágenes de uso de Monodevelop 2.0 desde mi computadora con Gentoo Linux.

Monodevelop 2.0

Monodevelop 2.0

Monodevelop 2.0

Como cambiar tu cursor en Xfce4 sobre Gentoo

Como cambiar el cursor en Xfce4 sobre Gentoo

Pues nada mas para mantener esta información almacenada y recurrir a ella cuando se me olvidara, añado este nuevo post donde me explico a mi mismo como cambiar el cursor del ratón o mouse en Xfce 4 sobre Gentoo, aunque creo que es aplicable a cualquier distribución donde tengas instalado Xfce 4 como Ubuntu, Mandriva o Fedora.

Según yo, solo estaría usando Xfce 4 pero finalmente ya tengo la base de GNOME y KDE ..resultado “imposible albergar solo Xfce 4″, pero de es muy rápido mi sistema, lo es, literalmente tarda nada en cargar y dejarme en el prompt de bash.

Descarga

En este ejemplo usare los cursores “Chameleon“, los cuales los puedes descargar de la siguiente liga http://www.kde-look.org/content/show.php?content=38459

¿Donde copio los cursores?

Una vez que hayas descargado los cursores, descomprimes y los copias en el directorio oculto icons de tu directorio HOME. si deseas que los cursores esten disponibles para todos los usuarios en tu sistema los debes copiar en el directorio /usr/share/icons.

¿Como cambio el cursor actual ?

Desde el menú de Xfce 4 en la opción Mouse Settings , en la ficha o tab “Cursor

¿Que hago si no se ve bien el cursor?

En la mayoría de foros de usuarios preguntando sobre Xfce , una duda muy general es ¿como hacer que funcionen bien los cursores ya que al parecer solo se ve bien el cursor en determinadas partes de una ventana, un ejemplo que puedes probar es con Firefox, abre Firefox y ve como el cursor se ve bien solo dentro de la ventana de Firefox.

Entonces la solución es editar o crear el archivo .Xdefaults , este archivo esta oculto en tu directorio HOME, como te menciono si no existe créalo, ocultalo y a continuación añade lo siguiente:

Xcursor.theme:ChameleonSkyBlue

Solo toma en cuenta en la anterior sentencia que despues de los 2 puntos debe ir el nombre del directorio tal cual copiaste tus cursores, en el ejemplo dice “ChameleonSkyBlue” el cual es el nombre del directorio donde copiaste tus cursores que ya previamente seleccionaste en la opción “Mouse Settings” de Xfce4.

Ahora solo reinicia Xfce4 y listo :)

Instalar Java en Gentoo 1ra Opción

Instalar Java en Gentoo 1ra Opción Instalar Java en Gentoo 1ra Opción

Para instalar JAVA en Gentoo hay varios métodos, les voy a explicar como hacerlo solo descargando del sitio de Sun los binarios de Java y enseguida definir las variables de entorno correspondientes.

Lo primero es descargar JAVA del sitio web oficial de Sun Microsystems, en mi caso descargue el JDK 1.5 update 18 ya que lo necesitaba para instalar la aplicación Oracle Sql Developer. posteriormente tienes que darle permisos de ejecución al archivo de instalación de JAVA  y cambiarnos al usuario root* :

$chmod +x jdk-1_5_0_<version>-linux-i586.bin

$su

A continuación copias o mueves el archivo de instalación de JAVA a /usr/local/ y lo ejecutas como lo muestro a continuación:

# ./jdk-1_5_0_<version>-linux-i586.bin

Ojo!!! no no me equivoque!! el prompt de la shell es un gatito e indica que ejecutaremos el archivo de instalación de JAVA como root. también podemos hacerlo haciendo uso de sudo esto supone que tienes a tu usuario desde /etc/sudoers ..etc.

¿porque tenemos que hacerlo con privilegios de root? porque queremos escribir y ejecutar un script, el cual va a generar un directorio con archivos de JAVA en un directorio en el cual posiblemente no tengas permisos de escritura.

En mi caso se genero un directorio de nombre jdk1.5.0_18 en /usr/local

Ahora vamos a crear una liga simbólica en /usr/local de nombre java hacia el directorio jdk1.5.0_18 , esto nos permitirá tener varias versiones de JAVA instaladas en el sistema y cambiar a la versión que en su momento necesitemos, simplemente redefiniendo el enlace al directorio de la versión que nos interese.

Entonces tenemos 2 directorios en /usr/local

java y jdk1.5.0_18

Para hacer el enlace y tomando en cuenta que estamos dentro del directorio /usr/local escribimos:

$sudo ln -s jdk1.5.0_18 java

Puedes comprobar tecleando ls -l

java -> jdk1.5.0_18

Lo siguientes es actualizar nuestras variables de entorno para que encuentren los binarios antes instalados de JAVA.

Para esto creamos un archivo en /etc/env.d con el nombre compuesto de un numero y el nombre del programa o librerías, ejemplo:  09java,10jre ,editamos el archivo y añadimos las siguientes variables de entorno y sus valores correspondientes:

PATH="/usr/local/java/bin"

ROOTPATH="/usr/local/java"

LDPATH="/usr/local/java/lib"

MANPATH="/usr/local/java/man"

Guardamos los cambios y ejecutamos el comando /usr/sbin/env-update , este comando recrea el archivo  /etc/profile.env el cual es usado por /etc/profile, a su vez se redefine la variable LDPATH y se actualiza el archivo  /etc/ld.so.conf y  posteriormente se ejecuta ldconfig para recrear /etc/ld.so.cache

Para hacer los cambios efectivos inmediatamente ejecuta lo siguiente:

$sudo /usr/sbin/env-update && source /etc/profile

Eso es todo, si al teclear java te dice que comando no encontrado, revisa los archivos ld.so.conf y profile.env deben estar actualizados con las rutas que añadiste en las variables que definiste.

Esta media puerca esta manera pero bueno a mi me funciono bien :)

Hay que hacer lo mismo para el JRE.

*Como te habia mencionado, puedes usar sudo o cambiarte a root, aunque es mejor hacerlo empleando sudo.

sobre Gentoo Linux

hace más de un mes que instale en mi equipo portátil Gentoo Linux y no hay mucho que contar ya que mucha de la documentación la encuentras en el sitio oficial de Gentoo o usuarios en Internet. creo que más adelante posteare un tutorial sobre instalarte Gentoo y los detalles de habilitar tu hardware de tu equipo como la tarjeta de red, la tarjeta de sonido, vídeo, aceleración 3d entre varios puntos, no esta de más otra experiencia que aporte a la comunidad.

mas tarde le pregunte a Ceyusa sobre como configurar las teclas para controlar el brillo de la pantalla de mi computadora portátil ya que nvidia-settings no se compilo bien, salio un error y sinceramente opte por ver otro método que fuese mas sencillo y rápido ya que no he tenido mucho tiempo para meterme a ver con calma que paso con nvidia-settings, más sin embargo los controladores de mi tarjeta nvidia si compilaron adecuadamente para mi versión de kernel. Ceyusa me comento muy amablemente,se agradece, que usara emerge -S hotkeys lo cual lo hice y bueno ya quedo ese detalle.

Aunque mucha gente le da la vuelta a Gentoo, realmente no es tan difícil, claro que supone que estudies, leas y razones varias cuestiones técnicas pero si echamos un ojo al pasado recuerdo que antes tenia que configurar a mano el video(Xwindow), las particiones del disco duro, el cargador de arranque, el dispositivo de red, la tarjeta de sonido y vaya que si había que configurar la tarjeta de sonido, IRQ’S, DMA CHANNELs entre otros parámetros y recuerdo que las revistas recomendaban que te valieras de tu Windows 98 para ver la configuración actual y usarla en Linux, pues a veces SI funcionaba otras veces NO!! pero bueno al menos te daba una idea de ver como andaban las cosas y entender un poco mas ya que antes era un poco mas difícil el acceso a Internet, al menos yo me valía de revistas españolas para usar Linux ya que era el único medio que tenia para consultar e instalar alguna distro como Mandrake, Red Hat o uutaa Eurielec Linux :s ¿Alguien dijo Esware Linux?, de las versiones que llegue a instalar en mi desfasada pentium fue Red Hat 5.1,Slackware y el siempre amigable Mandrake,en varias versiones, ya que un compañero de la Fimee descargaba en secreto los archivos iso de las distros :)

y al llegar en la tarde a casa nos dedicábamos a instalar Linux con los cuates, mis cuates eran: un ingeniero mecánico, y otro cuate de electrónica, todo con el fin de aprender cosas nuevas y no batallar con Windows.

¿Que porque en secreto descargan las isos de Linux en la Fimee?

pues porque no dejaban descargar otra cosa que no fueran actualizaciones de Visual Studio creo la versión 5 y Windows, el IE 4.x o 5.x no recuerdo bien las versiones.

Al menos en ese tiempo ya estaba probando otra cosa que no fuese Windows,Visual Studio, Sql Server, Office(Excel, Access), Flash 4, Rational Rose y las embarradas de C, C++, Java y según también Delphi que en la escuela me enseñaban, que bueno estaba bien, amen de todos los programas shareware y freeware que venían en las revistas españolas como PC+ de la editorial europea Prensa Técnica, pero al menos el juego que era la Ley es Diablo II, ese juego si que valía y creo que aun vale la pena jugarlo bien en red o entrando a battle.net , esta fenomenal.