myXSQ

En mi tiempo libre desarrolle una aplicación, myXSQ , que básicamente permite convertir fácilmente el nuevo formato XSQ a CSFASTA+QUAL que genera como resultado del proceso de secuenciación el instrumento SOLiD 5500xl.

Bioscope goes to Ubuntu Linux Desktop and Server

Es bien sabido que la herramienta No. #1 de Applied Biosystems – Life Technologies , el BioScope, corre solo en un cluster de computo ,usando Torque-PBS o SGE, basado en CentOS, una distribución basada en Red Hat Linux. En resumen BioScope te permite hacer análisis de los datos del instrumento SOLiD a través de tu [...]

Workshop “Sequencing Data Visualization for SOLiD Users” México 2011

Muy rápido pasa el tiempo y bien dice la gente que recordar es vivir. El pasado 4 de Julio asistí junto con el personal del área de genomica y estudiantes de doctorado al Workshop “Sequencing Data Visualization for SOLiD Users” el cual se llevo a cabo en las oficinas de Life Technologies de México.   [...]

developing on Bioscope 1.2

In past days I was developing some extra features for Applied Biosystems Bioscope 1.2 software tool. I think that bioscope is good tool but finally users needs to get access to more documentation like tutorials and books, so I added a menu and documentation dialog box(java rich faces) under bioscope’s help menu first. I am [...]

Developing Corona Matching Pipeline Sim

En mis tiempos de ocio he estado desarrollando un poco una versión lejana aún, pero parecida a Corona ya que lo necesito para probar otro proyecto, por el momento estoy trabajando en el Pipeline de “matching” que permite alinear lecturas de SOLiD(fragmentos o por pares) hacia un genoma de referencia, por lo que el parser [...]