Software Freedom Day Guanajuato 2011

Las ultimas imágenes de lo sucedido en nuestro evento Software Freedom Day Guanajuato 2011. El software libre es único, nos ha permitido relacionarnos con mas personas con el mismo espíritu de ayudar a los demás, hacer amigos, convivir, compartir nuestros conocimientos, exponer proyectos que poco o mucho vamos aportando en la medida de nuestras posibilidades, finalmente todos aportamos nuestro granito de arena al Software Libre, la idea es no perder el animo de seguir organizando este tipo de eventos, nos vemos el próximo año y gracias a todos.

ahhh pero qué rico cafecito en las palomas !!!

Bioscope goes to Ubuntu Linux Desktop and Server

Es bien sabido que la herramienta No. #1 de Applied Biosystems – Life Technologies , el BioScope, corre solo en un cluster de computo ,usando Torque-PBS o SGE, basado en CentOS, una distribución basada en Red Hat Linux.

En resumen BioScope te permite hacer análisis de los datos del instrumento SOLiD a través de tu navegador web y linea de comandos en Linux.

No hace mas de 2 años que encontré la manera de añadir contenido dentro de la aplicación como tal, a lo cual le llamaría crackear la aplicación pero evitare usar ese termino porque las aguas se levantan y ya chole…ayy el mexicano.

Pensé que quizá y observando que oficialmente no añaden el soporte para ensamblar genomas, dije seria bueno añadirle esas opciones al BioScope para lo cual ya tenia un esquema, diseño y el flujo de como hacerlo, pero después pensé que mejor no, puesto que no es mi aplicación , no es software libre y tendría que estar haciendo constantemente ingeniera inversa para lograr el objetivo y quizá después tendría problemas legales ya que quizá los usuarios del BioScope querrían tener estos nuevas actualizaciones,lo cual traería una seria de cuestiones legales.

Después me fastidio que BioScope solo pudiera correr en CentOS y empece analizar scripts y mas scripts con toda calma y dije !! solución !! al menos voy a hacer que BioScope puede ejecutarse en otra distro diferente a la basada en Red Hat, y dicho y hecho El servidor de BioScope ahora puede instalarse y correr en Ubuntu Linux Desktop y Server ;) , mapreads puede correr bien sin mucho problema , ahora ya podrías analizar tus datos de SOLiD en tu propia computadora con Ubuntu Linux sin necesidad de tener que instalarte CentOS Linux.

No solo eso también puedo soportar que se ejecute en Mandriva Desktop, Gentoo, claro necesitas al menos de 16G – 24 G en memoria ram si quieres que trabaje mas o menos decentemente.

Trinity Desktop

Si el escritorio KDE en su versión 4 .x no es la mejor opción para ti y deseas seguir usando las versiones anteriores del escritorio KDE entonces tu opción puede ser el proyecto Trinity. La idea de Trinity es mantener KDE 3.5 y afinarlo en todo los puntos que se pueda y lo interesante es que se tienen muy buenas mejoras.

Para instalarlo en Ubuntu Maverick (la versión que actualmente estoy usando ) solo hay que seguir los siguientes pasos:

Añade las siguientes lineas a tu archivo /etc/apt/sources.list

deb http://ppa.quickbuild.pearsoncomputing.net/trinity/trinity/ubuntu maverick main
deb-src http://ppa.quickbuild.pearsoncomputing.net/trinity/trinity/ubuntu maverick main
deb http://ppa.quickbuild.pearsoncomputing.net/trinity/trinity-builddeps/ubuntu maverick main
deb-src http://ppa.quickbuild.pearsoncomputing.net/trinity/trinity-builddeps/ubuntu maverick main

Para instalar :

$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.quickbuild.pearsoncomputing.net --recv-keys 2B8638D0
$ sudo apt-get update sudo apt-get install desktop-base-trinity kde-trinity

postgreSql libPerl-dev

Ahora que estuve probando un poco el Torrent Server virtual de Ion Torrent tuve que  compilarme postgreSql sobre mi caja de linux ya que necesitaba interactuar con el servidor de Ion..pero como siempre me sucede algún error a tiempo de compilación que rápidamente solucione y es que tuve a bien configurar postgreSql con soporte de Perl y Python para el lenguaje de programación en postgreSql, esto con el fin de que  te permitas desarrollar tus propios scripts para por ejemplo crear funciones automatizadas que el propio servidor de postgreSql pueda ejecutar dejando un poco libre a la aplicación de validar o realizar tareas repetitivas o bien “triggers” , “store procedures” ..etc.

Básicamente el problema fue que no tenia instalado las librerías de desarrollo de Perl ..eso es todo.

Pero sigamos a detalle la pequeña bitácora..

1. Al momento de compilar, claramente se puede observar que no se encuentra la lib “libperl.so” ..bueno gcc no dice eso exactamente, pero al momento de compilar y enlazar no se genera “plperl.so” y ahí termina el proceso.

gcc -O2 -Wall -Wmissing-prototypes -Wpointer-arith -Wdeclaration-after-statement -Wendif-labels -fno-strict-aliasing -fwrapv -fpic -shared  plperl.o spi_internal.o SPI.o  -L/usr/local/lib -L/usr/lib/perl/5.10/CORE -L../../../src/port -fstack-protector -lperl -ldl -lm -lpthread -lc -lcrypt -Wl,-rpath,’/usr/lib/perl/5.10/CORE’ -o plperl.so
/usr/bin/ld: cannot find -lperl
collect2: ld returned 1 exit status
make[3]: *** [plperl.so] Error 1
make[3]: Leaving directory `/home/jacob/Downloads/postgresql-8.4.8/src/pl/plperl’

pero para ello use la siguiente configuración:

./configure – – with-tcl – – with-perl – – with-python – – with-libxml – – with-libxslt – – prefix=/usr

2. Basta con instalar la librería , en el caso de Ubuntu Linux puedes hacerlo de la siguiente manera:

$sudo apt-get update; sudo apt-get install libperl-dev

3. finalmente comprobando con dpkg :

/usr
/usr/lib
/usr/lib/libperl.a
/usr/lib/libperl.so
/usr/share
/usr/share/doc
/usr/share/doc/libperl-dev

4. continuar con la compilación de PostgreSql.

$ sudo make install

asunto solucionado ;)

 

Security Storage: KeePassX for GNU/Linux

KeePassX es una aplicación que al menos para mi está genial ya que permite almacenar objetos asociados a usuarios y contraseñas a una base de datos de la misma aplicación.

Para compilar Keepass necesitas tener instalada la versión de Qt >= 4.3.0 y usar desde linea de comandos :

qmake-qt4/qmake

make; make install

por omisión KeePassX se instala en /usr al momento de hacer make install.

Puedes agrupar los objetos que defines y crear entradas en cada grupo.

Hotot: The hottest new Twitter app for GNU/Linux

Hotot es una aplicación excelente para Twitter muy rápida.Aún no hay un versión estable para descargar pero puedes usar una versión de pruebas que funciona muy bien como te muestro en la siguiente captura de pantalla:

¿Como instalar Hotot en Ubuntu Linux?

1. añadir el repositorio en Ubuntu, yo hice las pruebas en Ubuntu 10.04 (Lucid)

sudo add-apt-repository ppa:hotot-team

2. instalar hotot

sudo apt-get update && sudo apt-get install hotot