Blast Query Sequence Visualizer Demo IV

En estos días he terminado, entre otros proyectos, avances significativos en la interfaz para la representación gráfica de secuencias y genes los cuales describo a continuación:

La representación del modelo génico, aclaro no esta terminado todavía , de acuerdo a la base de datos es como se muestra en la siguiente imagen:

las barras de color “morado” representan los exones y los picos representan los intrones, esto sin duda alguna lo puedo mejorar pero por ahora es correcto, realmente hacer esto no esta tan fácil.

Añadí una barra de opciones que se encuentra al lado del nombre del contig con la cual pueden añadir comentarios a un contig,posteriormente esto se convertirá en el sistema de anotación cuando este terminado por supuesto, también se puede ver quien realizo cada comentario que se han hecho a un contig así como de igual forma descargar la secuencia en el formato del flat file de GenBank:

cabe señalar que el 80% de consultas y acarreo de datos van por el “canal asincronico” de tal forma que el rendimiento y rapidez de la aplicación web es muy muy buena.

El dialogo que se muestra en la imagen anterior permite descargar en formato texto la secuencia así como también verla en linea mediante un panel desplegable, aquí interviene GenBank2Any.

La parte de comentarios:

Previo al mostrar esta pagina, hay otro pagina de inicio donde se hace una busqueda de contigs en base al nombre o en base a una palabra clave como por ejemplo: “zein”, “transposon”, “bronze”..etc. esto permite obtener una lista de contigs que contengan esa descripción y de esta forma consultar un contig en particular.

esa lista de contigs esta disponible por ahora como se muestra en la siguiente imagen:

About Jacob

I'm a Bioinformatics Developer, Software Engineer, Open Source Developer, Mobile Developer, Unix/Linux SysAdmin, HPC Sysadmin

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