Uso de memória pelo Velvet

En días pasados dejamos disponible Leonardo y un servidor una aplicación web sencilla para calcular la memoria necesaria de la computadora en el momento que vayamos a ejecutar Velvet para ensamblar un genoma a partir de lecturas pequeñas.es un factor  muy importante que hay que tomar en cuenta antes de trabajar.

Liga: http://denovoutils.appspot.com/velvetmem

copy-paste:

O fator limitante para a execução do Velvet é a quantidade de memória disponível no computador. Segundo essa
thread
no fórum SEQAnswers forum a fórmula para calcular o uso da memória em kb é:

Ram required for velvetg = -109635 + 18977*ReadSize
    + 86326*GenomeSize + 233353*NumReads - 51092*K

Onde:

  • ReadSize está em bases
  • GenomeSize está em megabases
  • NumReads está em milhões de reads
  • E k é o tamanho do k-tamero utilizado pelo Velvet

Copyright Leonardo

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