Bioscope goes to Ubuntu Linux Desktop and Server

Es bien sabido que la herramienta No. #1 de Applied Biosystems – Life Technologies , el BioScope, corre solo en un cluster de computo ,usando Torque-PBS o SGE, basado en CentOS, una distribución basada en Red Hat Linux.

En resumen BioScope te permite hacer análisis de los datos del instrumento SOLiD a través de tu navegador web y linea de comandos en Linux.

No hace mas de 2 años que encontré la manera de añadir contenido dentro de la aplicación como tal, a lo cual le llamaría crackear la aplicación pero evitare usar ese termino porque las aguas se levantan y ya chole…ayy el mexicano.

Pensé que quizá y observando que oficialmente no añaden el soporte para ensamblar genomas, dije seria bueno añadirle esas opciones al BioScope para lo cual ya tenia un esquema, diseño y el flujo de como hacerlo, pero después pensé que mejor no, puesto que no es mi aplicación , no es software libre y tendría que estar haciendo constantemente ingeniera inversa para lograr el objetivo y quizá después tendría problemas legales ya que quizá los usuarios del BioScope querrían tener estos nuevas actualizaciones,lo cual traería una seria de cuestiones legales.

Después me fastidio que BioScope solo pudiera correr en CentOS y empece analizar scripts y mas scripts con toda calma y dije !! solución !! al menos voy a hacer que BioScope puede ejecutarse en otra distro diferente a la basada en Red Hat, y dicho y hecho El servidor de BioScope ahora puede instalarse y correr en Ubuntu Linux Desktop y Server 😉 , mapreads puede correr bien sin mucho problema , ahora ya podrías analizar tus datos de SOLiD en tu propia computadora con Ubuntu Linux sin necesidad de tener que instalarte CentOS Linux.

No solo eso también puedo soportar que se ejecute en Mandriva Desktop, Gentoo, claro necesitas al menos de 16G – 24 G en memoria ram si quieres que trabaje mas o menos decentemente.

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Workshop “Sequencing Data Visualization for SOLiD Users” México 2011

Muy rápido pasa el tiempo y bien dice la gente que recordar es vivir.

El pasado 4 de Julio asistí junto con el personal del área de genomica y estudiantes de doctorado al Workshop “Sequencing Data Visualization for SOLiD Users” el cual se llevo a cabo en las oficinas de Life Technologies de México.

 

Apenas llegue a mi habitación cuando ya estaba instalando algunos de los programas en mi computadora portátil y la mac.

llegamos algo cansados y teníamos hambre por lo que decidimos cenar y disfrutar de una muy buena platica con todos , después ya bien comiditos nos fuimos a instalar las computadoras con los programas necesarios para el Workshop, yo me desvele un poco más tiempo ya que una computadora estaba dando mucha guerra pero como dicen que no hay peor lucha que la que no se hace finalmente quedo lista.

Leonardo inicio con el Workshop hablando sobre los análisis de los datos de Bioinformática en general, muy buena platica.

El workshop estuvo bien , estuvimos usando varias herramientas para visualización de secuencias como Magic Viewer, ChipViewer , Tablet y BamViewer , está platica fue impartida por la gente de Winter Genomics, también ellos hablaron sobre Galaxy solo que por alguna extraña razón el sitio web oficial de Galaxy se bloqueo, lo bueno es que tenia configurado Galaxy en mi propia computadora portátil por lo que les pasamos la dirección de mi computadora para que todos pudieran entrar a Galaxy y seguir trabajando con el WorkShop.

Alrededor de las 2:15 salimos a comer , todos estuvimos invitados a comer por parte de  Life Technologies México , gracias.

Al termino de la comida regresamos a la siguiente parte del workshop, Leonardo realizo una demostración del nuevo software de análisis de datos de SOLiD “LifeScope”.

De imprevisto me anime a participar complementando un poco sobre Galaxy y BioScope, pero mi computadora portátil no pudo reconocer el proyector por lo que solo use la computadora de Leonardo para presentar algo rápido.

Comente brevemente 3 puntos:

    1. BioScope ahora puede ser capaz de correr en Ubuntu Linux Desktop y Servidor para ello hice algunos cambios en los scripts de instalación de BioScope.
    2. Es posible usar TMAP , la herramienta para mapear secuencias de Ion Torrent dentro Galaxy así como Velvet , Mira ..etc , para ello visita el siguiente enlace.
    3. Desarrolle un pequeño pipeline que permite generar las secuencias de referencia en el formato que Galaxy necesita para ser usadas dentro de Galaxy con Blast-MegaBlast , para descargar o verificar el software haz clic aquí.

Al termino hicieron la entrega de constancias de participación y nos despedimos , no sin antes tomar un par de fotos para el recuerdo.

Gracias todos por el Workshop , la asistencia y la convivencia muy agradable , espero que se vuelva a promover y organizar este tipo de eventos que nos permiten conocer y compartir la información que es provechosa para todos, desde luego cuenten con mi participación

Aprendiendo y jugando con Software Libre en Preescolar México

El sábado pasado estuvimos impartiendo curso de capacitación a las maestras,algunos pequeñines y directora de una institución de educación preescolar publica. fue una experiencia realmente emotiva y enriquecedora que a pesar de todos los obstáculos hemos salido adelante con este proyecto tan importante para nosotros.

Aunque ya lo había experimentado, de nueva cuenta confirme el interés innato de los niños y niñas por el juego, prácticamente podemos estimular el deseo de divertirse al tiempo que aprenden.

Básicamente :

Vamos a contribuir al desarrollo global e integral de los niños, es decir: físico, social, emocional, psicológico y cognitivo.

Vamos a desarrollar de la orientación espacial, la coordinación física, la memoria, la discriminación auditiva, la creación de estrategias de aprendizaje y la motricidad fina de todos los pequeños.

Vamos a desarrollar la autonomía y confianza de los pequeños antes sus propias posibilidades.

Queremos y vamos a permitir que el aprendizaje y conocimiento de los niños  de 3 a 9 años de preescolar en México tenga otro nivel de enseñanza y sea totalmente provechoso para ellos y los educadores.

El aprendizaje tiene otro nivel ya que los niños aprenderán a usar la computadora y desarrollar sus capacidades: como la memoria, la compresión oral, vocabulario básico, numeración, es decir complementando su educación con la tecnología especialmente “Software Libre”, por ejemplo:

  • Operaciones básicas: suma, resta, multiplicación y división.
  • Aprender a escribir.
  • Identificar colores.
  • Aprender a dibujar sus ideas y pensamientos.
  • Aprender palabras básicas en ingles.
  • Actividades de lógica y memoria.
  • Aprender a usar la computadora.
  • Manejo del  ratón.
  • hay más…

Prácticamente todos, o al menos muchos, de los problemas sociales tienen su causa raíz en la educación, la ignorancia trae: pobreza, discriminación, desigualdad, desorden, frustración, corrupción, dependencia económica, tecnológica y alimentaria …del extranjero, mala salud pública… etc. esperamos cooperar con este grano de arena, porque las personas construyen las familias, sociedades, instituciones y países; formando a ellas construimos un mundo mejor  (Noe).

Lo interesante NO es el “si se puede, si se puede”…ya lo estamos haciendo !! el objetivo son los niños !!

No tuvimos éxito en Iniciativa México lo cual no me preocupa en lo absoluto ya que  tomamos la iniciativa de realizar este proyecto mucho tiempo antes que existiera Iniciativa México.

Quien desee contribuir, apoyar y participar por favor házmelo saber, cualquier tipo de ayuda es muy bien recibida.

Próximamente el sitio de red y todos los detalles del proyecto.

Jacob