Blast Html Embed

A mediados del pasado año 2007 rápidamente desarrolle un programa que permite embeber código html dentro de los reportes que BLAST genera al terminar de hacer un alineamiento y surge como necesidad para la interfaz Query Sequence Visualizer ya que la interfaz tiene un modulo que permite alinear secuencias mediante blast, pero el reporte resultante necesita vincular las secuencias que dieron hit y posteriormente verlas mediante un pequeño browser web que desarrolle  el cual aun permanece  en estado beta ya que hay nuevos cambios y mejoras.

El código html puede embeberse donde sea y como sea necesario.

Sitio de red: http://hackob.openenchilada.com/projects/soft/bio/bhtmlembed/

Blast Query Sequence Visualizer Beta

He dado un paso de saltar del track de versión 0.x al track 1.x !!!!

Siguiendo con la interfaz para la representación gráfica de las secuencias, he actualizado muchas cosas, he corregido errores, aclaro hay mas bichos  por eliminar, y he añadido mas funcionalidad respetando como siempre la interacción con el usuario final ya que la interfaz se desarrolla pensando en el usuario final y NO como piensa el desarrollador que es lo mejor para el.

En esta imagen muestro la parte la cuenta del usuario y la opción para editar sus datos, todo corre bajo una “capa asincronica”.

Blast Query Sequence Visualizer III

de acuerdo a mi “changeLog” solo he añadido lo siguiente al sistema:

* (6/05/08) cuchareada para obtener el id completo y la(s) referencia(s) que vienen en los campos hit_id o también en el campo hit_def (status: complete).

* (7/05/08) dijit panel desplegable contenedor de todos los HSP’s por cada hit con la información completa que genera BLAST(status:85%).

* (8/05/08) Ahora cada barra de HSP esta enlazada con su descripción.

(puedes hacer clic sobre las imágenes para agrandar)

colores y demas detalles pueden cambiar sin problemas!!!!

Blast Query Sequence Visualizer Demo II

retomando el tema de Blast, entre otras cosas actualice la interfaz para mostrar los datos de cada HSP de forma instantánea, aquí dejo un par de imágenes:

(puedes hacer clic sobre las imágenes para agrandar)

casi cualquier elemento de la pagina web “esta vivo”, los datos que se muestran instantáneamente al pasar el puntero del mouse sobre un elemento HSP ocasionan que se muestren tooltips dinamicamente con la información de cada HSP , de cada HIT y de la query correspondiente, aunque estos datos se muestran como un resumen alternativo rápido, la situación es que al seleccionar un HSP se mostrara la información completa y el alineamiento de cada HIT y HSP quizá siguiendo el estilo de NCBI.

cabe señalar que esto es solo un avance que al día de hoy es usable, pero falta mucho por desarrollar e incluir me refiero a cromosomas, cdna..etc.