easyRAE iniciando..

Nada ,ahora que nuestra comunidad Mono Hispano ha regresado …

Hace varios años desarrolle una aplicación, para el escritorio de Linux, que permite consultar el diccionario de la Rea Academia Española  , también hay una versión que empece a probar para jugar un poco con el iPhone 3G/Monotouch al menos con el emulador.

La aplicación genera una base de conocimiento de tal manera que los usuarios interesados pudiesen buscar y encontrar el significado, localmente en su computadora , de alguna palabra muy rápido.

La ultima versión permite al usuario generar, exportar e importar una base de conocimiento (BC) la cual el usuario estará generando dinamicamente al momento de consultar al diccionario de la Real Academia Española. El usuario se encargara de subir  su base de conocimiento en un servidor a través de a aplicación easyRAE, algo parecido a MonoDoc, la base de conocimiento se actualizara cada que el usuario decida subir sus actualizaciones y estará disponible para su descarga como archivo compreso y permitirá alimentar a la aplicación easyRAE de mas usuarios.

Básicamente como se muestra en la figura anterior, 5 consultas generan un total de 90KB de consultas descargadas, 1000 consultas generan 17.57 M sin compresión. Una base de conocimiento, con compresión, de 1000 consultas, da un total de 1.9 M

En la versión 0.2 era posible usar easyRAE por linea de comandos

* opciones para la linea de comandos:

– – word : consulta la base de datos de la Real Academia Española.

– – disable-ui : deshabilita la interfaz GtkSharp

– – help : muestra la ayuda.

Ejemplo de uso:

$easyRAE  – – word estilo  – – disable-ui

Esto permite consultar la palabra estilo en el diccionario de la RAE

Un nuevo comienzo Mono Hispano

pues nada que Alberto me ha comunicado que vamos empezar nuevamente con Mono-Hispano, bueno ya comenzó..

Hola a todos,

De nuevo estamos en marcha. Ya están abierto el registro al wordpress de Mono Hispano. Por favor si estáis interesados en formar parte de una futura lista de correo de Mono Hispano y/o en colaborar escribiendo artículos por favor registraros. En el menú de la derecha tenéis la opción “Registrarse”.

Para acceder a documentación sobre Mono, GTK#, C# y ASP.NET en Linux así como la forma de configurarlo todo echad un vistazo al Wiki de Mono Hispano y especialmente al libro de desarrolladores de Mono, también encontraréis un interesante listado de tutoriales. Solo tenéis que pulsar en el botón “Manuales” en la página del wiki.

Los que manejáis bien el inglés echad un vistazo a la página del proyecto Mono en inglés.

Los que buscáis un IDE de desarrollo para programar en C# en Linux, desarrollar para el framework Mono, visitad la página, también en inglés del IDE MonoDevelop

Alberto

¿a qué estáis esperando?..vale pues a ! ser Monos !

Mono Hispano

MonoGame y Microsoft XNA mi primer juego

Pues nada que al fin me pude hacer tiempo para empezar con MonoGame , MonoGame es una implementación XNA para Mono. El framework XNA  te permite desarrollar juegos para diversas plataformas como el XBOX 360, Windows Phone 7 y Windows 7.

Gracias al equipo de MonoGame ahora es posible escribir programas para las plataformas que he mencionado anteriormente usando Linux, Mac OS X con Mono.. simplemente es genial !! , esto no es nada nuevo y ya tiene tiempo de ir avanzando el proyecto sin embargo apenas estoy haciendo algunas pruebas pues si bien recordaran siempre he sido aficionado a los vídeo juegos y a su desarrollo.

Sí, por supuesto que existen apis para desarrollar “games” con Python y otros lenguajes de programación pero finalmente es una cuestión de que lenguaje te gusta mas y como te sientes mas cómodo para trabajar en este apartado.

En Linux, para los que usan MonoDevelop pueden seguir usando la interfaz y desarrollar en ello,  ¿Qué necesitas?

Mono , MonoDevelop (opcionalmente) y MonoGame

¿Cuál Linux? Linux Mint 12, pero puedes usar cualquiera.

¿versión de Mono? yo use la versión 2.10.7 (Mono JIT compiler version 2.10.7 (tarball Wed Dec  7 13:31:31 CST 2011)) compilada desde fuentes.

para no trastear tanto, mi pequeño “game” que programe no hace prácticamente nada,  solo mueve una imagen (sprite) con el logo de monogame arriba, abajo, izquierda, derecha de acuerdo a la tecla up, down, left, right veamos una imagen:

Pues nada que para compartir los fuentes intentare preparar algo mas interesante que simplemente mover un sprite.

XNA GameStudio 4 se ve que tiene buena pinta , sin embargo ni siquiera tengo Windows en el ordenador así que para mi no es opción.

Vala 0.9.1 @ new Monodevelop 2.4

Recién liberada la versión de Monodevelop 2.4, compile los fuentes y generado los binarios correspondientes de Monodevelop.

Dejo disponible el primer screencast del como crear un proyecto para Vala en la nueva versión 2.4 de Monodevelop

Developing Corona Matching Pipeline Sim

En mis tiempos de ocio he estado desarrollando un poco una versión lejana aún, pero parecida a Corona ya que lo necesito para probar otro proyecto, por el momento estoy trabajando en el Pipeline de “matching” que permite alinear lecturas de SOLiD(fragmentos o por pares) hacia un genoma de referencia, por lo que el parser del mapa de cromosomas esta terminado y efectivamente cumple su objetivo, básicamente en el primer Pipeline esta completo los siguientes puntos:

• parámetros requeridos completos y por el momento  solo -z(hits) , –tempdir (scratch) son viables.
• parser para el mapa de cromosomas esta completo, identifica los cromosomas y genera los directorios correctos.
• genera los scripts necesarios para proceso en cluster al igual que Corona(torque pbs)

La forma de llamar el primer Pipeline es:

jacob@jacob-mobile:~/Projects/ABCoronaLiteEmu/build$ mono matching_large_genomes_cmap_save_script.exe -csfasta /home/jacob/tmp/SOLiD/results/lpi/R3/file.csfasta -dir /home/jacob/tmp/SOLiD/results/lpi/matchingR3 -cmap /home/jacob/tmp/SOLiD/ref/human_validated.cmap -t 25 -e 4 -z 10 -tempdir /home/jacob/tmp

más delante comentare sobre los avances de cada Pipeline y las herramientas independientes.

México aporta el Genoma del Maíz al conocimiento científico mundial

“México aporta el Genoma del Maíz al conocimiento científico mundial”

Con la reciente publicación del articulo http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/sci;326/5956/1078
en la revista Science, hace un par de semanas recibí un reconocimiento por mi participación en el proyecto, mi participación fue muy muy pequeña ya que solo desarrolle un pequeño browser web que permite visualizar los datos, a la medida y necesidades, que previamente se estaban analizando, este pequeño browser lo denominamos Query Sequence Visualizer , el cual permanece en una fase de pruebas o mejor dicho una versión beta.

La aplicación esta desarrollada con el framework de Mono, básicamente usa un conjunto muy rico de diversas tecnologías para lograr su cometido.

Básicamente es el nacimiento de la aplicación ya que hay muchas características y planes que implementare en la aplicación.

Sin lugar a dudas agradezco a toda la gente que me tuvo la paciencia y me oriento en el desarrollo de la aplicación. es un orgullo haber participado un poquito en el proyecto.

Más información sobre Query Sequence Visualizer http://hackob.openenchilada.com/projects/soft/bio/qsv/indexQsv.html

Referencias en internet sobre el articulo del Genoma de Maiz:

http://www.ecuadorciencia.org/noticias.asp?id=8288&fc=20091122

http://sapiensideas.com/noticias/saberes/develan-genoma-del-maiz/

http://www.research.gov/rgov/anonymous.portal?_nfpb=true&_windowLabel=news_1_1&news_1_1_actionOverride=%2Fgov%2Fresearch%2Fcore%2Fcms%2Fnews%2Fbegin&news_1_1nodePath=%2FBEA+Repository%2Fnews%2Fitems%2F1259150937594&_pageLabel=page_latest_news

Blast Html Embed

A mediados del pasado año 2007 rápidamente desarrolle un programa que permite embeber código html dentro de los reportes que BLAST genera al terminar de hacer un alineamiento y surge como necesidad para la interfaz Query Sequence Visualizer ya que la interfaz tiene un modulo que permite alinear secuencias mediante blast, pero el reporte resultante necesita vincular las secuencias que dieron hit y posteriormente verlas mediante un pequeño browser web que desarrolle  el cual aun permanece  en estado beta ya que hay nuevos cambios y mejoras.

El código html puede embeberse donde sea y como sea necesario.

Sitio de red: http://hackob.openenchilada.com/projects/soft/bio/bhtmlembed/

Blast Xml to Database (bxml2db)

Después de mucho tiempo sin anunciar una aplicación que desarrolle en mi actual empleo, finalmente me anime a platicar un poco sobre esta aplicación.
Prácticamente el programa no hace gran cosa, solo interpreta los archivos resultantes, en formato xml, del alineamiento que realiza blast, y los va automáticamente almacenando en una base de datos como MySql o PostgreSql , a elección del usuario, técnicamente el proceso lo realiza sin volcar a memoria nada mas que el objeto en si ,de esta manera es posible usar archivos de gran tamaño arriba de 2 GB y el consumo de memoria es mínimo, el uso de cpu si es aprovechado lo más posible.

¿Quien está usando el programa? gracias a Fran Gonzalez, el Centro de Investigación del Cancer en (Universidad de Salamanca-Consejo Superior de Investigaciones Científicas en España), quien le resulto provechoso y sus  resultados se llevaron con éxito.

¿ Sitio de red ? temporalmente he elaborado rápidamente el sitio web del proyecto, más adelante moveré la aplicación al lugar donde pertenecen, los binarios y fuentes del programa no están disponibles si no por solicitud , la cual más adelante comentare al respecto de los detalles, la ayuda del programa esta disponible en el icono de la bandera en la sección de documentación.

Haz clic aquí para entrar al sitio oficial

¿En que está escrito el algoritmo? en C# y corre en Mono sobre Linux, Windows, Mac. podría sin mucha complicación migrarlo a Vala.

El hospedaje del servidor fue gracias a Mauro, de nueva cuenta muchas gracias Mauro

First approach to easyRAE Iphone 3G version

Anteriormente comente que desarrollaría una versión para el Iphone 3G y desde luego estoy trabajando en ello..por lo que dejo la siguiente imagen como muestra:

easyRAE para Iphone usa MonoTouch

La idea es liberar los binarios junto con el código fuente para Linux y al mismo tiempo para el Iphone.

easyRAE updated v0.6

Si la configuración del idioma en tu distribución de Linux es español, easyRAE va al idioma de tu elección, por el momento solo al español, pero la base permite traducir easyRAE a cualquier lengua.

La pantalla del “Acerca de”  y detalles lo deje intencionalmente como se muestra, posteriormente sufrirá cambios para que se adapte al mismo esquema del idioma.

Para las versiones subsecuentes de easyRAE la idea es que la aplicación permita al usuario generar, exportar e importar una base de conocimiento (BC) la cual el usuario estará generando dinamicamente al momento de consultar al diccionario de la Real Academia Española. El usuario se encargara de subir, cuando lo quiera hacer, su base de conocimiento y esta base de conocimiento se actualizara cada mes y se podrá descargar, como archivo compreso, en un formato que aún estoy diseñando el cual lo único que puedo decir, por ahora, es que será un formato estándar, para no caer en dimes y diretes.

Básicamente como se muestra en la figura anterior, 5 consultas generan un total de 90KB de consultas descargadas, 1000 consultas generan 17.57 M sin compresión. Una base de conocimiento, con compresión, de 1000 consultas, da un total de 1.9 M, estamos hablando que son solo y solo aproximaciones, esto puede variar constantemente.

Sin duda alguna, esto será implementado en las próximas versiones.