Lunes , Octubre 1 2012

Un día como cualquier otro , el fin de semana la pase al frente de la computadora compilando un par de programas tratando de corregir errores ,algunos los corregí otros quedaron peor , eso me dice que debo leer, leer y entender más código fuente..al paso de las horas no llegue a nada y para mitigar mi decepción salí a tomar aire al mismo tiempo que recordé que el carro estaba sucio , no tenia la mas mínima intención de personalmente lavarlo, ¿ resultado ? , lo lleve a lavar y no quedo tan mal.

Hoy en el trabajo pendientes aquí y allá ..compilar y configurar Samba en el cluster de computo , hacer pruebas enviando datos desde un instrumento de secuenciación Illumina MiSeq , en la bitácora del trabajo anteriormente ya había documentado un esquema muy general pero al parecer todo marcho como se supone debe funcionar, más tarde me avisaron que Galaxy estaba fallando …demonios !! es error con Python y Sqlite3.

 

 

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Nginx upload module

pues nada que Facebook tiene la culpa pues cada ves menos uso el blog para escribir…en fin.

En días pasados estuve trabajando con Galaxy para análisis de datos etc y etc, si bien es cierto que para usar Galaxy en modo “pro” , por así llamarlo, es necesario configurar e instalar una serie de dependencias por ejemplo PostgreSql, un servidor ProFtpd para usuarios virtuales, un servidor web y proxy como Nginx..etc y etc, sin embargo un problema que sucede es que al compilar Nginx, mi ejemplo:

./configure –prefix=/usr –with-http_ssl_module –with-http_perl_module –conf-path=/etc/nginx/nginx.conf –error-log-path=/var/log/nginx/nginx_error.log –pid-path=/var/run/nginx/nginx.pid –lock-path=/var/lock/nginx/ –http-log-path=/var/log/nginx/nginx_access.log –add-module=/home/jacob/Downloads/bio/galaxy/nginx_upload_module-2.2.0 ; make

al compilar Nginx con el modulo para “uploads” en Linux Mint 13 hay un error y el error no es mas que el uso de una variable “sin uso” ya que gcc está tratando todos los warnings como error, la solución es muy sencilla , yo escogería alguna de estás opciones que seguro no son las únicas..

  1. Eliminas la variable.
  2. Editas el archivo “Makefile” y eliminas “-Werror”  al menos para la parte donde compila el fuente en cuestión.
  3. Inicializas a un valor nulo o en una sentencia haces uso de la variable , verifica con calma lo que sucede en el codigo fuente y listo.

La opción #1 no la recomiendo mucho puede que en alguna otra parte del código de Nginx haga referencia y te lleves sorpresas, cuestión de revisar.

El error:

/home/jacob/Downloads/bio/galaxy/nginx_upload_module-2.2.0/ngx_http_upload_module.c:1681:18: error: variable ‘result’ set but not used [-Werror=unused-but-set-variable]

¿ un parche ? hice uno pero no tiene ningún sentido , pierdes menos tiempo en editar el fuente o el archivo Makefile.